很久很久以前的年代，是大家印像中野蠻的石器時代。 其實也並不盡是如此，在那個世界上有很多肉眼看不到的精靈們，棲息在道具、武器和防具之中，好讓人們更容易使用各項器具，並給予人們莫大的勇氣，治療人們的疾病，賦予人們力量。 另外還有很多前所未見的變型動物以及大家十分感興趣的恐龍等，都會一一出現。 你不光在戰鬥中可以碰見它們，在平時還可以把它們作為寵物來眷養著，如果你能夠收集所有的恐龍，還可以通過照相功能做成一個寵物圖鑑大全！

《石器時代》的故事都發生在一個叫做“尼斯大陸”的大地上。 尼斯大陸原本是一個完整的陸塊，但是在火山爆發之後，強大的自然力量將大陸分成了“吉魯”、“薩伊那斯”和“加魯卡”三個島嶼，而目前遊戲的世界主要是由風格迥異的“薩伊那斯”和“加魯卡”兩大島組成的。　

“薩伊那斯”島位於尼斯大陸的東側出海口附近，氣候溫和宜人，適合居住。 島上的“瑪麗娜絲漁村”和“薩姆吉爾村”是玩家可選擇的兩個出生地，“薩姆吉爾村”以英雄薩姆吉爾為名，村中有座巨大的英雄雕像； “瑪麗娜絲漁村”則是以海產著名的村落，村民相當溫和可親，而所謂的“瑪麗娜絲”指的就是“海的精靈”。

“加魯卡”是一座被大量森林覆蓋的熱帶島嶼，是充滿了原始野性風味的冒險天堂。 它有大自然的眷顧恩賜，擁有遍地綠野，如果說其他地方都是“石”的文化，那麼此地就是屬於“木”的文明了。 這裡還有許多可供探險的特殊地點和種類繁多的生物，其中還有一個可愛的“小人國”村落等著玩家發現呢！ 在這裡玩家可以選擇兩個出生地，其中之一的“加加村”是一座建築在樹上的村落，而另外一個“卡魯它那”則是由數十個小島組成的漁村。

在遙遠的過去，石器時代尚未出現的原始世界裡，充斥著精靈、原始人及各式寵物，他們和平共存，也互相尊重。然而人們為了滿足自己生活所需及生活的便利，大量破壞了自然生態的資源，讓這世界的運轉與平衡遭遇了危機，精靈與寵物的生存空間也被破壞殆盡；這段時間後來被人們稱作為〝機械文明〞時期。而掌管精靈世界的光明精靈王與黑暗精靈王，為阻止〝機械文明〞所帶來的災害，決定使用它們擁有的強大力量來恢復這世界原有的美麗面貌。

可惜的是，光明精靈王與黑暗精靈王所擁有的力量絕然不同；光明精靈王擁有的是大自然的精靈力量，黑暗精靈王擁有的則是魔法的精靈力量，若同時使用這兩種力量，將會使這個世界趨於毀滅。於是，他們決議進行一場公平的角力，由獲勝的一方，利用其所擁有的力量來拯救這美麗的世界。為避免釀成更大的災害，輸者將由勝方封印其力量，直到回復世界原貌的那一天。結果，在這場角力對戰當中，光明精靈王略勝一籌，打敗了黑暗精靈王，並將其封印，利用大自然的精靈力量來恢復世界。

沒想到光明精靈王於拯救世界的過程中，不慎也和機械文明一同被封印在漆黑的洞窟。精靈王身邊的地之守護精靈瑪蕾菲雅在經過了數百年的尋找後，終於得知了精靈王的所在位置，並前往營救，可惜瑪蕾菲雅的力量不敵機械文明，連靈體都被擊散在各地。

黑暗精靈王在不知情的狀況之下，年復一年的等待，卻又不見光明精靈王的前來，誤以為這是光明精靈王設下的圈套，於是，對光明精靈王的誤會與憤恨日漸加深，就這樣過了兩千年…….黑暗精靈王累積了兩千年的能量，試圖要破除光明精靈王所設下的結界封印，但是這樣強大的能量，恐怕會對整個尼斯大陸造成不能抹滅的傷害，現在就靠身為勇者的人，來阻止這場尼斯大陸的浩劫了....